インボイス制度・電子帳簿保存法に会計ソフトはどう関わるか【2026年10月時点】

インボイス制度と電子帳簿保存法に、会計ソフトは「記録・計算・保存の手間を減らす」役割を果たしますが、制度に対応するかどうかの判断や、登録申請、証憑の受け渡しの運用までは代わってくれません。ここでは、2026年10月時点で押さえておきたい基本と、ソフトに任せられる範囲、自分で行う範囲を整理します。制度は改正が続くため、適用期限や特例の最新内容は国税庁の公式情報で確認してください。

インボイス制度の基本

インボイス制度（適格請求書等保存方式）は、2023年10月1日に始まりました。課税事業者が仕入税額控除を受けるには、原則として、登録事業者が発行する適格請求書（インボイス）の保存が必要です。適格請求書には、登録番号（T＋13桁の数字）、適用税率、税率ごとの消費税額などの記載が必要です。

事業者側の立場は、次の2つに分かれます。

適格請求書発行事業者（登録事業者）：税務署に登録申請をして登録された課税事業者。取引先から求められたら、インボイスを交付する義務があります。
免税事業者：登録しない場合、インボイスを発行できず、取引先は原則として仕入税額控除ができなくなります（経過措置あり）。

経過措置・特例について（要確認）

制度の開始後、負担を軽くする措置が設けられています。代表的なものは次のとおりですが、期限や内容は税制改正で見直されることがあります。

措置	概要	確認のポイント
2割特例	免税事業者から登録した小規模事業者の納税額を、売上税額の2割に軽減する	適用できる課税期間の終期。2026年度改正による見直しの有無
少額特例	税込1万円未満の課税仕入れについて、一定の事業者はインボイスなしでも仕入税額控除が可能	対象の事業者の要件と、適用できる期間
仕入税額控除の経過措置	免税事業者などからの課税仕入れについて、一定割合の控除を認める	控除割合の段階と、それぞれの期間

2026年10月は、これらの措置の期限や段階が切り替わる時期にあたるため、自分の課税期間に何が適用されるのかを、国税庁の最新の案内で必ず確認してください。本サイトは、特例の最新の適用期間や割合を断定しません。

インボイス対応で会計ソフトができること

登録番号の管理：取引先の登録番号を保存し、国税庁の公表サイトで確認する機能を持つものもあります。
インボイスの作成：登録事業者向けに、適格請求書の記載要件を満たす請求書を作成。
税率ごとの区分経理：10％と軽減税率の8％を、仕訳で区分して集計。
消費税の計算：本則課税、簡易課税、2割特例などの計算に対応した申告書の補助。
適格・非適格の仕訳の区別：受け取った請求書がインボイスかどうかを、仕訳に記録する機能。

自分で運用する範囲

登録申請を行うかどうかの判断と、税務署への申請。
受領した請求書が適格請求書の要件を満たしているかの確認。
請求書・領収書の保存。
取引先から、インボイスの発行を求められたときの対応。

電子帳簿保存法の基本

電子帳簿保存法は、帳簿や書類を電子データで保存する際のルールを定めた法律で、保存の区分は大きく3つです。

電子帳簿等保存：会計ソフトなどで作成した帳簿・書類を、電子データのまま保存する。
スキャナ保存：紙で受け取った書類を、スキャンして保存する。
電子取引データ保存：メールやWebサイトからダウンロードした請求書・領収書などを、電子データのまま保存する。

特に重要なのは3つ目です。2024年1月1日から、電子取引のデータは、紙に印刷して保存するだけでは認められず、電子データで保存することが原則義務化されています。ただし、一定の要件のもとでの猶予措置や、検索機能の要件の緩和があります。詳細は国税庁の案内で確認してください。

電子取引データの保存で守ること

データの真実性の確保：タイムスタンプの付与、または訂正・削除の履歴が残るシステムの利用、または事務処理規程の備え付け。
データの可視性の確保：ディスプレイや説明書などを備え、見られる状態にする。
検索機能の確保：取引年月日、取引金額、取引先で検索できること（一定の小規模事業者などは緩和）。

計算例（保存の整理、仮の数字）：メールで受け取った請求書PDFが月に20枚、年間240枚ある場合、「日付_取引先_金額」の形式でファイル名を付け、専用のフォルダに保存すれば、検索の要件を満たす運用ができる場合があります。実際に満たせるかは、事務処理規程の整備なども含め、国税庁の案内で確認してください。

会計ソフトと電子帳簿保存法

会計ソフトは、帳簿の電子保存（優良な電子帳簿の要件など）や、証憑のアップロードと検索の機能を備えたものがあります。ただし、ソフトを使っていれば、すべての要件が自動的に満たされるわけではありません。自分で行う運用は、保存場所の決め方、ファイル名のルール、事務処理規程の作成などです。

保存期間の目安

帳簿や書類の保存期間は、法人は原則7年（事業年度の欠損金の繰越控除を受ける場合は10年）、個人事業主は帳簿・決算関係書類が原則7年、領収書などの証憑が5年が一般的です。ただし、事業者の区分や書類の種類で異なるため、国税庁の案内で確認してください。

よくある質問

免税事業者のままでもよいですか？

法的に義務ではありません。ただし、取引先が課税事業者の場合、インボイスを発行できないことが取引条件に影響する場合があります。取引先との関係を見て判断してください。

電子取引データは、印刷して保存すればよいですか？

2024年1月以降、原則として電子データでの保存が必要です。印刷のみの保存で認められる場合は限られるため、国税庁の案内で確認してください。

会計ソフトは、電子帳簿保存法に対応していれば安心ですか？

ソフトが機能を備えていても、運用のルール（ファイル名、保存場所など）は自分で決める必要があります。

参考・公式情報

国税庁 — インボイス制度、電子帳簿保存法の公式案内（特例・経過措置の最新情報）
国税庁適格請求書発行事業者公表サイト — 登録番号の確認
デジタル庁 — 電子インボイス（Peppol）に関する情報